Les TAAF n’ont jamais eu de population autochtone et aucune population permanente à l’exception de quelques brèves et très limitées tentatives de colonisation. Il existe cependant une présence humaine continue sur certains de ces territoires, assurée par des scientifiques ou des militaires français. Ainsi en 2006, environ 650 personnes ont séjourné dans les TAAF dont 400 sont des scientifiques en mission et 200 à 250 des militaires, principalement de la Légion étrangère ou du 2^e RPIMA et des contractuels assurant la logistique.

• Îles Kerguelen : entre 45 et 110 personnes suivant la saison.
• La Terre-Adélie : entre 30 et 100 personnes.
• Îles Saint-Paul et Nouvelle-Amsterdam : 25 à 45 personnes (avec des missions ponctuelles de quelques personnes sur Saint-Paul).
• Archipel Crozet : 25 à 45 personnes.