Environ 95 % de la population mahoraise est musulmane. La tradition sunnite y fut introduite par des populations arabo-persanes tandis que la culture africaine est venue la teinter d’animisme.

De tradition sunnite, introduite par des populations arabo-persanes, profondément imprégnée à la culture swahilie des Comores, religion structurant une société teintée de croyances africaines et malgaches, l’islam est pratiqué par environ 35 % de la population mahoraise.

La communauté catholique, très minoritaire, formée d’environ 4 000 personnes, ne dispose que d’une seule paroisse avec deux lieux de cultes : l’église Notre-Dame-de-Fatima à Mamoudzou et l’église Saint-Michel à Dzaoudzi64. Les Protestants sont présents avec une mission des Chrétiens évangélistes, qui compte une quarantaine de membres.