Le français est la langue officielle. Mais il n’est pas ou peu connu des personnes âgées originaires du monde traditionnel de l’île. Celles-ci, ainsi que la plupart des plus jeunes, maîtrisent une langue africaine bantoue, le shimaoré, ou des dialectes du malgache, le sakalava, parlers vernaculaires du sud au nord ouest de Mayotte. Le shimaoré varie légèrement d’un village à l’autre sous l’influence d’autres dialectes des autres îles Comores. Le shimaore est de facto la lingua franca indigène pour un usage au quotidien.

On estime que l’illettrisme en français concernait en 2000 environ 35 % des hommes et 40 % des femmes. L’Alliance française œuvre pour sa promotion, engagée dans diverses activités culturelles émancipatrices comme les arts martiaux, avant la départementalisation. Toutefois cet illettrisme français est aussi causé par une piètre familiarité avec l’alphabet latin. L’illettrisme en arabe est moindre car la langue et l’alphabet arabes sont enseignés avec assiduité dans les madrassas. Toutefois, depuis la dernière décennie, de gros efforts sur l’instruction ont été menés par l’État, ce chiffre a donc constamment baissé et l’illettrisme ne concerne qu’une certaine catégorie de la population relativement âgée.