L’origine des Tadjiks reste floue, mais remonterait aux Bactriens et aux Sogdiens. Les tombes du Pamir oriental ont révélé que les Saces (des Scythes) étaient présents ici depuis le Vème siècle av.J.-C., à une époque où le climat était beaucoup plus chaud.
Au Ier siècle av. J.-C., le vaste Empire bactrien couvrait l’actuel nord de l’Afghanistan tandis que les Sogdiens habitaient la vallée du Zeravchan, aujourd’hui à l’ouest du Tadjikistan. Alexandre le Grand, après avoir remporté une victoire décisive sur Darius III en Mésopotamie, entreprit de compléter sa conquête et poursuivit, en 329 av.J.-C., sa route via Cyropolis (Istaravchan) et Marakanda (Samarcande) jusqu’au Syr-Daria, qu’il traversa afin d’écraser la résistance scythe. Il fonda là sa neuvième ville, Alexandreia-Eskhate où se dresse aujourd’hui Khodjent.
Chassés de la vallée par les Arabes qui entreprirent de conquérir l’Asie centrale au VIIème siècle, les Sogdiens livrèrent une dernière bataille contre les envahisseurs au mont Mug, dans les montagnes du Zeravchan, qui se solda par la décapitation de leur chef Devastich.
Le Tadjikistan fait remonter ses origines à la période glorieuse de la dynastie perse des Samanides (819-992), marquée par une effervescence dans la création, surtout durant le règne d’Ismaïel Samani (849-943). Boukhara, leur capitale, devient un des centres culturels du monde islamique et produit de grands talents tels que le philosophe et scientifique Ign Sina (Avicenne) ou le poète Rudaki (859-943).
Sous les Samanides, les grandes villes d’Asie centrale étaient perses, mais à la fin du Xème siècle, les invasions turques se succédèrent, entrainant un phénomène d’acculturation. Malgré leurs différences ethniques, les deux peuples cohabitaient paisiblement, unis par la même religion. Les deux populations essuyèrent les conquêtes des Mongols, puis, plus tard, de Timur Lang (Tamerlan). La région que couvre l’actuel Tadjikistan resta toutefois aux marches de l’Empire timuride.
A partir du XVème siècle, les Tadjiks devinrent les sujets de l’émirat de Boukhara, dont l’impot collectait 50% de la production de rubis du Badakhchan. Au milieu du XVIIIème, les Afghans établirent leur contrôle sur toutes les terres situées au sud de l’Amou-Daria et sur la population tadjik qui y résidait. Ils s’emparèrent plus tard d’une grande partie du Badakhchan. L’Amou Daria trace aujourd’hui encore l’essentiel de la frontière avec l’Afghanistan.
L’Empire russe repoussant les limites vers le sud, il fit de l’émirat de Boukhara un pays vassal en 1868, ce qui impliquait un contrôle effectif sur les territoires au nord et à l’ouest du Tadjikistan actuel. Le Pamir, qui occupe aujourd’hui la totalité du Tadjikistan oriental, n’était qu’un no man’s land échappant au pouvoir de l’émirat de Boukhara, que ni l’Afghanistan ni la Chine ne convoitaient. La Russie, en revanche, voulut tirer profit de cette situation, y voyant la brèche qui lui donnerait l’accès à l’Inde britannique.
Le Pamir devint alors la scène d’un duel stratégique entre l’Empire britannique et la Russie, que l’écrivain Rudyard Kipling immortalisa par l’expression de Grand Jeu, dans lequel les gagnants furent les Russes, qui offrirent la région au tsar. Ce fut dans le Pamir oriental, après avoir découvert Mourgab, Alichour et le Rang-Kul, que Yunghusband, explorateur britannique, fut expulsé du haut Wakhan par un homologue tsariste. Une crise internationale éclata. La Russie étaya ses revendications en construisant une ligne de fortifications à travers le Pamir. En 1895, la signature d’un traité anglo-russe fixait l’actuelle frontière du Tadjikistan avec l’Afghanistan et la Chine, entérinant sa fermeture au monde extérieur pour les cent ans à venir.
Après la Révolution Russe de 1917, de nouveaux gouvernements provisoires sont établis en Asie centrale et les Tadjiks sont intégrés à la République socialiste soviétique du Turkestan (1918-1924), puis à celle de l’Ouzbékistan (1924-1929). S’en suit un mouvement de rébellion des musulmans basmachi qui va durer 4 ans et en 1929, le pays obtient un statut de république à part entière à l’exception des villes de Boukhara et Samarcande.
Au cours des années 1930, les bolchéviques remplacèrent la quasi totalité des Tadjiks influents par des valets de Moscou. L’industrialisation du Tadjikistan ne commença qu’après la Seconde Guerre Mondiale, alors que la Russie occidentale avait perdu une grande partie de ses capacités de production. Pendant la majeure partie de l’ère soviétique, le Tadjikistan dépendait des importations du reste de l’Union soviétique non seulement pour les vivres mais aussi pour le carburant et de nombreux autres biens de consommation.
Au milieu des années 1970, le Tadjikistan commença à ressentir la montée des forces islamiques dans l’Afghanistan voisin, notamment dans la sud. En 1976, le Parti de Renaissance Islamique vit le jour clandestinement et obtint le soutien de la population en cristallisant les aspirations nationalistes des Tadjiks.
Les premiers grands troubles survinrent en 1990 et des émeutes meurtrières conduiront à l’instauration d’un état d’urgence.
Après les déclarations d’indépendance des autres pays d’Asie centrale, la République du Tadjikistan fut proclamée le 9 septembre 1991.Les élections portèrent au pouvoir le candidat du Parti Socialiste (ancien Parti Communiste) Rakhmon Nabiyev. Au-delà de l’évidente fraude électorale, l’opposition fut particulièrement irritée par la stratégie politique de Nabiyev qui favorisait la vieille garde et écartait tous les autres courants et clans représentant la nation tadjike. En août 1992, le pays plonge dans la guerre civile.
Jusqu’en 1997, le Tadjikistan est plongé dans une guerre civile et subit de fortes pressions de la part de la Russie. Le 27 juin 1997, un accord de paix est signé qui fait naître une Commission de réconciliation nationale.
De nos jours, le Tadjikistan fait partie des trente pays les plus pauvres malgré son taux de croissance très important ces dernières années. C’est aussi une plaque tournante de la drogue et ses liens avec l’Afghanistan ainsi que son Etat politiquement fragile font craindre une instabilité grandissante.