Les TAAF ne sont desservies que par la mer. Il n’existe en effet ni aérodrome, ni même de piste d’aviation à l’exception de l’île Tromelin, de l’île Europa, des îles Glorieuses et de l’île Juan de Nova dans les îles Éparses de l’océan Indien, qui possèdent chacune une piste rudimentaire. Une piste avait été construite à proximité de la base Dumont-d’Urville en Antarctique en 1980. Le but était de pouvoir relier l’Australie et l’Antarctique par un avion militaire de type Transall ou Hercules C130. Mais devant le coût financier de son entretien (la piste avait été sérieusement endommagée par une vague due au détachement d’un bloc d’un glacier voisin) et les polémiques internationales liées à cet aéroport dans une zone protégée, la piste a été abandonnée en 1996. L’emplacement de la base de Port-aux-Français dans les îles Kerguelen avait été choisi pour la possibilité d’installer une piste d’aviation à sa proximité, ce qui cependant n’a jamais été réalisé.

Les Terres australes et antarctiques françaises ne possèdent pas non plus de port, juste des zones de mouillage et des cales ne pouvant accueillir que des navires de très faible tirant d’eau. La desserte des Terres australes et antarctiques françaises est assuré par le Marion Dufresne 2 à partir de la Réunion où il est basé. Ce navire, construit en 1995, assure le transport des passagers, fret et fuel vers les îles Australes ainsi que des missions scientifiques. La desserte de La Terre-Adélie est effectuée par le navire polaire L’Astrolabe pendant l’été austral, au départ d’Hobart en Tasmanie. La circulation automobile n’existe que sur les îles Kerguelen malgré l’absence d’axes routiers. Le parc de véhicules utilitaires (essentiellement fourni par Renault) est restreint, faisant toutefois l’objet d’une immatriculation française par un système qui lui est propre. Chaque véhicule est attitré à un chef ou prêté à un agent, l’entretien est assuré in situ par une équipe spécialisée dans la mécanique générale. Leur présence a été rendue nécessaire par l’importance du matériel et des personnes à déplacer.

Il n’existe aucune installation portuaire dans les TAAF à l’exception d’une cale de débarquement à Port-aux-Français et d’une cale sommaire à Amsterdam.