Créées en tant que territoire d’outre-mer (TOM) par la loi du 6 août 1955, les TAAF sont dotées de la personnalité juridique et de l’autonomie administrative et financière. Elles sont en outre, depuis la révision constitutionnelle du 28 mars 2003, mentionnées explicitement à l’article 72-3 de la Constitution de la République française.

Le siège administratif se trouvait initialement à Paris. Il a été installé en 2000 à Saint-Pierre, à La Réunion. Le rez-de-chaussée abrite des expositions et est périodiquement ouvert à la visite . L’administrateur supérieur représente le territoire en justice, sauf en cas de litige entre le territoire et l’État.

L’administrateur supérieur est assisté d’un Conseil consultatif de 13 membres, représentant différents départements ministériels (outre-mer, défense, recherche, pêche, environnement, affaires étrangères). En cas de litige judiciaire entre l’État et le Territoire, le territoire est représenté en justice par le président du Conseil consultatif. L’administrateur supérieur des Terres australes et antarctiques françaises gère également la zone économique exclusive très étendue que confère la souveraineté française sur ces îles de l’océan Indien. Il est en responsable du registre maritime des Terres australes et antarctiques françaises, semble-t-il en sa qualité de représentant du territoire. L’administrateur supérieur est représenté dans chacun des districts par un « chef de district » qu’il désigne pour une période allant de trois mois à un an. Il s’agit de fonctionnaires de catégorie A volontaires qui deviennent responsables de domaines aussi variés que la gestion de l’environnement, la sécurité des biens et des personnes, la logistique, etc. par délégation de pouvoir de l’administrateur supérieur. Ils sont également officiers de police judiciaire et remplissent les fonctions d’officier d’état civil. Le rôle de chef de district de La Terre-Adélie revient normalement au chef de la base antarctique Dumont-d’Urville.

Le traité sur l’Antarctique (Washington, 1959) établit un gel des prétentions territoriales en Antarctique. Ainsi, la France exerce sa souveraineté sur La Terre-Adélie même si certains États refusent par principe toute appropriation territoriale de l’Antarctique.

Contrairement à la France métropolitaine et aux départements d’outre-mer, le territoire des Terres australes et antarctiques françaises ne fait pas partie de l’Union européenne et le droit communautaire n’y est pas applicable.