Les Afghans sont musulmans à 99 %. Il y a environ 80 % de sunnites.

On compte également environ 20 000 hindous, répartis dans tout le pays, de 5 000 à 10 000 zoroastriens ainsi qu’un nombre très réduit de sikhs, de chrétiens et de bouddhistes qui furent tous persécutés par les Talibans. Il y a aussi des yézidis, souvent confondus avec les zoroastrien. Les Baha’is, tout comme en Iran, sont fortement discriminés, et persécutés, et ils ne sont pas reconnus comme un groupe religieux minoritaire. Avant 1992, il y avait entre 2000 et 3000 Chrétiens, qui seront fortement persécutés après 1992.

Entre 1996 et 2002, sous les Talibans, les Hindous et les Sikhs, comme les autres religions, furent persécutés. Il y avait environ 50 000 Hindous et Sikhs en Afghanistan en 1975. Au moins 80 % des Non-Musulmans fuirent avant 2002. Depuis 2003, des Hindous et des Sikhs reviennent : ce sont surtout des commerçants, et l’Afghanistan entretien des relations diplomatiques avec l’Inde. Il n’y a aucune statistique pour les Chrétiens, fortement persécutés.