Ce n’est qu’au XVIe siècle que lesotho, une ethnie bantoue originaire d’Afrique centrale, arrivent dans cette partie de l’Afrique, alors peuplée de quelques autres ethnies avec lesquelles ils se mélangent.
Au début du XIXe siècle, les premiers commerçants blancs arrivent dans la région (appelée dès lors Basutoland).
En 1820, le roi des Sotho du sud, Moshoeshoe Ier (v. 1800-1870), afin de lutter contre les raids zoulou, unifie les tribus sotho. Il concentre son peuple dans le massif Basouto et réussit à préserver son indépendance. Mais, à partir de 1840, les Sotho doivent faire face à une autre menace, celle des Boers, les colons d’origine néerlandaise d’Afrique du Sud, qui veulent s’approprier leurs terres. Il sera attaqué à plusieurs reprise par les Boers de l’Orange (1858-1864-1867) et son territoire sera rogné à l’ouest. En 1868, afin de se protéger des Boers, Moshoeshoe Ier demande l’aide des Britanniques qui établissent un protectorat sur le territoire.
De 1899 à 1902, le Basutoland est pris dans la tourmente de la guerre des Boers, qui s’achève par la victoire britannique en Afrique du Sud.
Malgré la création de l’Union sud-africaine en 1910 et de la République d’Afrique du Sud en 1961, le Basutoland (Lesotho) demeure à part sous contrôle britannique.
Le 4 octobre 1966, le Basutoland devient indépendant du Royaume-Uni dans le cadre du Commonwealth sous le nom de Lesotho.
En 1970, une révolution aboutit au transfert du pouvoir du roi qui, de fait, n’occupe plus qu’un poste honorifique au profit de son Premier ministre. Le 10 février 1970, le roi Moshoeshoe II (1938-1996), chef suprême du Basutoland de 1960 à 1966, puis roi du Lesotho, doit partir en exil. Il revient le 5 décembre.
En 1986, un coup d’État militaire rend ses pouvoirs au roi.
Le roi Moshoeshoe II est de nouveau exilé en 1990. Le 12 novembre 1990, son fils Letsie III est appelé sur le trône pour lui succéder. Mais le 25 janvier 1995, Moshoeshoe II redevient roi et le reste jusqu’à sa mort le 15 janvier 1996.
En 1993, le gouvernement constitutionnel est restauré après un période d’attente de 23 ans pendant lesquelles les militaires ont dirigé le pays.
En 1998, des protestations violentes associées à une mutinerie militaire provoquent une intervention brève mais sanglante de l’Afrique du Sud à la suite d’élections contestées. Une autre réforme constitutionnelle permet de rétablir une certaine stabilité dans le pays mais la xénophobie a l´égard des sud-africains devient plus tenace.
25 mai 2002 : Victoire du LCD aux élections législatives. Bethuel Pakalitha Mosisili reste Premier ministre.
Mars 2004 : Inauguration du barrage de Mohale
4 octobre 2006 : Adoption d’un nouveau drapeau et découverte d’un diamant blanc de 603 carats
24 novembre 2006 : Dissolution du Parlement par le roi
2007 : Grèves, violences et instauration du couvre-feu. Une mission de conciliation est confiée à la SADC qui a mandaté l’ancien président botswanais, Ketumile Masire.
25 février 2012 : Fondation par Pakalitha Mosisili du Congrès démocratique (DC).
30 mai 2012 : Démission du Premier ministre, Pakalitha Mosisili
7 juin 2012 : Nomination comme Premier ministre de Tom Thabane, leader de l’ABC
17 octobre 2014 : le Parlement se réunit pour la première fois depuis une tentative de coup d’Etat fin août, pour une session parlementaire exceptionnelle qui marque le retour à la normalité politique.
4 mars 2015 : résultat des législatives : le Premier ministre Thomas Thabane échoue à remporter une majorité suffisante et devrait céder la place à son prédécesseur, Pakalitha Mosisili, au pouvoir de 1998 à 2012.
17 mars 2015 : investiture du nouveau Premier ministre, Pakalitha Mosisili.