L’agriculture ne compte que pour 3,4% du PIB et emploie moins de 4% de la population active. Riche en schistes bitumineux, l’Estonie tire de cette ressource une très grande partie de sa production énergétique (80%) qui lui permet d’être auto-suffisante en matière de production électrique.

Le secteur industriel représente environ 28% du PIB, et occupe plus de 30% de travailleurs estoniens. Les principaux secteurs industriels de l’Estonie sont l’agroalimentaire (produits laitiers et préparation de la viande) qui compte pour plus de 15% de l’industrie de fabrication, l’électronique et les technologies de l’information (un secteur traditionnel), l’industrie chimique (qui compte pour 6% de la fabrication) et l’industrie de la transformation du bois (la part de la transformation du bois dans l’industrie de fabrication représente plus de 20%). Le secteur industriel estonien, qui avait été fortement touché par la crise économique puis par la crise en Europe, bénéficie de la bonne santé économique des voisins finlandais et suédois.

Secteur le plus développé, les services (notamment le transport et la logistique, la biotechnologie et les services financiers) comptent pour plus de 68% du PIB et emploient environ 65,5% des Estoniens. Le secteur des télécommunications est le plus performant. L’Estonie est le pays au monde le plus connecté à l’Internet, étant même surnommée E-stonie pour son avance en équipement et en R&D Internet.