Dès 1839, des explorateurs français parcoururent la région. La souveraineté française, qui s’est maintenue jusqu’en1977, commença à Obock en 1862, avec la signature d’un premier traité de protectorat avec un chef local. Fort de ses relations avec Ménélik, le gouverneur Léonce Lagarde fit de Djibouti, fondée en 1888, le port de l’Éthiopie. Le 22 juillet 1898, le territoire devint une colonie française, sous le nom de Côte française des Somalis. En s’appuyant tantôt sur les Afars tantôt sur les Issas, selon le principe du «diviser pour régner», la colonisation a ancré les différends et les rivalités entre ces deux peuples.
En 1946, la colonie devint un Territoire d’outre-mer.
Au référendum constitutionnel de 1958, le maintien du statut de TOM prôné par Hassan Gouled Aptidon l’emporta. Le président Hassan Gouled, un Somali, réussit jusqu’à la fuite de Mengistu et l’attaque du Front afar, à rester «neutre» entre l’Éthiopie, pro-Afars, et la Somalie, pro-Issas.
En mars 1967, les électeurs se prononcèrent par référendum pour le maintien de Djibouti au sein de la France. En juillet 1967, le territoire prit le nom de Territoire français des Afars et des Issas.
Un nouveau référendum, le 8 mai 1977, donna une majorité en faveur de l’indépendance (98,8 %).
Le 27 juin 1977, le nouvel État accéda à l’indépendance sous le nom de République de Djibouti.
Entre un président issa (Hassan Gouled Aptidon) et un Premier ministre afar (aujourd’hui Barkat Gourad Hamado), l’équilibre demeure précaire. Le Parlement institutionnalisa le parti unique en octobre 1981.
La volonté du président de maintenir un équilibre entre les ethnies se traduisit par une relative stabilité à partir de 1982.
En 1992, Hassan Gouled accepta le multipartisme ; les élections législatives (1992) puis présidentielles (1993) ont confirmé le pouvoir en place mais cristallisé davantage l’opposition entre Afars et Issas ; les deux peuples nomades, organisés selon des structures claniques affaiblies par les troubles, l’effondrement du pastoralisme et les progrès de l’éducation, se disputent les pacages et, maintenant, la succession d’Hassan Gouled Aptidon.
En avril 1999, le candidat du parti au pouvoir, Ismaël Omar Guelleh, remporte l’élection présidentielle avec 74,9 % des voix, tandis que Barkat Gourad Hamado est reconduit à la tête du gouvernement (mai)
1 juin 2000 : Privatisation de la gestion du Port autonome international de Djibouti
4 septembre 2002 : Introduction du « multipartisme intégral »
8 avril 2005 : Réélection d’Ismaïl Omar Guelleh
14 février 2007 : Convocation du président Ismaïl Omar Guelleh devant la justice française
23 octobre 2007 : Expulsion vers le Yémen de sept membres de la famille de Mohamed Aloumekhani, témoin clef dans l’affaire Borrel
8 février 2008 : Élections législatives boycottées par l’opposition
19 avril 2010 : Réforme constitutionnelle permettant au président Ismaïl Omar Guelleh de se représenter une troisième fois
8 avril 2011 : Victoire d’Ismaël Omar Guelleh à l’élection présidentielle (3ème mandat)