En 2002, le déficit consolidé du Vatican s’élevait à 13,5 millions d’euros pour 216 millions d’euros de recettes. Les dépenses sont principalement les salaires des 2 600 employés (dont environ 750 ecclésiastiques). En 2010, l’économie vaticane a réalisé un excédent budgétaire de 10 millions d’euros, malgré la baisse des dons des fidèles.

Outre les revenus touristiques tels les revenus des musées du Vatican (91,3 millions d’euros de recettes en 2011), l’organisation de voyages et pèlerinages, l’émission de timbres postaux et de monnaies recherchés par les collectionneurs et la vente de publications, les revenus viennent de placements mobiliers (32 millions d’euros de plus-value en 2002) et immobiliers (12,9 millions d’euros).

Un autre poste financier non négligeable est le denier de Saint-Pierre qui a avoisiné les 50 millions d’euros en 2002, même si une partie de cette somme seulement est affectée au budget du Vatican. Son origine remonte au VIII^e siècle, quand les Anglo-Saxons commencèrent à envoyer une contribution annuelle au pape. Cet usage s’étendit ensuite aux autres pays d’Europe et a été reconnu officiellement par le pape Pie IX le 5 août 1871 dans l’encyclique Sæpe venerabilis.

Depuis le 1^er janvier 2013, la Deutsche Bank, qui gère les paiements monétiques au sein de la Cité vaticane, s’est vue dans l’obligation de désactiver l’utilisation de tous ses terminaux électroniques sur ordre de la Banque d’Italie, car le Saint-Siège n’a pas encore atteint les standards requis au niveau international contre le blanchiment d’argent. Les membres du comité Moneyval (un comité d’experts dépendant du Conseil de l’Europe qui repère notamment les blanchiments des capitaux et les sources occultes de financement du terrorisme) estiment en effet que le Vatican remplit à peine 9 des 16 recommandations clés et lui attribuent 7 mentions négatives. Le Vatican a lancé depuis 2010 une série de réformes à la suite d’importants scandales financiers ayant impliqué sa banque, l’Institut pour les œuvres de religion (IOR) et qui gère en 2011 plus de 6,3 milliards d’euros répartis en 20 772 comptes, dont 37 des membres de la famille du pape, 236 de cardinaux, 1 604 d’évêques et 128 de monastères, couvents ou abbayes. L’IOR s’est trouvé au cours des années au cœur de nombreux scandales notamment sous le mandat de M^gr Paul Casimir Marcinkus, ex-directeur de la banque du Vatican. L’établissement était le principal actionnaire du Banco Ambrosiano, banque accusée dans les années 1980 de blanchiment d’argent de la drogue pour la mafia. En mai 2012, l’IOR refait parler d’elle avec le limogeage de son président Ettore Gotti Tedeschi. Les États-Unis ont ajouté en 2012 le Vatican à une liste de 68 États dont la situation est jugée préoccupante, selon le rapport annuel du Département d’État américain sur la lutte contre le trafic de drogue dans le monde.

Le pape François tend à sortir l’économie du Vatican des réseaux mafieux, et a d’ailleurs fait plusieurs déclarations à ce sujet.