La liberté de religion est stipulée dans la constitution indonésienne. L’État reconnaît officiellement six religions : l’islam, le protestantisme, le catholicisme, l’hindouisme, le bouddhisme et le confucianisme.

En 2010, 87,2 % de la population se déclarait musulmane, ce qui fait de l’Indonésie le pays du monde comptant le plus de musulmans.
Cette même année, 7 % de la population se déclare protestante, 2,9 % catholique, 1,7 % hindouiste, 0,9 % autre (dont bouddhiste et confucianiste) et 0,4 % sans religion.

L’hindouisme est particulièrement présent sur l’île de Bali. La plupart des bouddhistes d’aujourd’hui sont des Indonésiens d’origine chinoise. Si l’hindouisme et le bouddhisme sont aujourd’hui deux religions minoritaires en Indonésie, elles ont eu beaucoup d’influence dans le passé et ont défini des aspects de la culture du pays.

L’islam est arrivé en Indonésie avec des marchands musulmans d’origine arabe, indienne et chinoise. Il s’est lentement diffusé en suivant les routes commerciales. Au terme de trois siècles, il était devenu la religion dominante dans l’archipel.

La religion catholique romaine a été importée par les premiers colons et les missionnaires portugais. Le protestantisme a lui été apporté par les missionnaires luthériens et calvinistes néerlandais lors de la période coloniale.

En Indonésie, la religion est souvent pratiquée de manière syncrétique, influencée par les coutumes et les croyances locales, citons par exemple l’islam chez les Minangkabaus, le christianisme chez les Bataks, l’hindou-bouddhisme aux abords du mont Bromo.