L’archipel est peuplé par vagues successives en provenance du continent asiatique, d’Indonésie et de Malaisie.

1100: Les Chinois installent des comptoirs sur les côtes de Luzon.
1380: Arrivée des musulmans dans l’archipel des Sulu. En un siècle, l’islam s’établit une puissante sphère d’influence.
1521: Magellan revendique l’archipel au nom de l’Espagne. Il est tué par un chef local.
1543: Le pays reçoit son nom en l’honneur de Philippe II d’Espagne.
1565: Les Espagnols pérennisent leur occupation.
1571: Tout l’archipel, à l’exception des Sulu, islamiques, est sous domination espagnole. Manille devient la capitale de Las Islas Filipinas.
XIXe siècle: Le sentiment national philippin, et la résistance, se développent.
1896: Une insurrection nationaliste éclate. L’écrivain José Rizal, l’un des fondateurs du mouvement d’indépendance, est fusillé.
1898: À l’issue de la guerre hispano-américaine, durant laquelle les Philippins combattent aux côtés des Américains, les États-Unis s’emparent de l’archipel. L’opposition nationaliste conteste la domination américaine.
1935: Manuel Quezón devient le premier président du Commonwealth des Philippines, étape transitoire avant l’indépendance.
1941-1942: Le Japon occupe l’archipel.
1944-1945: Les États-Unis envahissent de nouveau le pays.
1946: L’indépendance est proclamée.
1965: Ferdinand Marcos est élu président de la République des Philippines.
1972: Marcos instaure la loi martiale. Son régime est la cible des guérillas communiste et islamiste. Il est accusé de fraude électorale. Début de l’insurrection musulmane dans le Sud.
1983: L’assassinat du leader de l’opposition, Benigno “Ninoy” Aquino, soulève une vague de manifestations à l’encontre du gouvernement.
1986: Corazón Aquino, la veuve de Benigno, remporte les élections, après la naissance du mouvement People Power (défiant le pouvoir militaire du régime de Marcos) dans les rues de Manille. Marcos doit s’exiler. Les libertés démocratiques sont rétablies. Corazón Aquino doit faire face à plusieurs tentatives de coups d’État.
1989: Ferdinand Marcos meurt en exil.
1991: Éruption gigantesque du mont Pinatubo ; des millions de tonnes de cendres volcaniques sont ejectées. Les États-Unis s’engagent à évacuer leurs dernières bases militaires.
1992: Le secrétaire à la Défense Fidel Ramos devient président de la République.
1996: Le gouvernement signe un accord de paix avec le Front de libération nationale moro (MNLF), qui a abouti à l’établissement d’une Région autonome dans la partie musulmane de Mindanao (ARMM), qui comprend toutes les régions à majorité musulmane.
1998: Joseph Estrada, ancienne vedette du petit écran, succède à Fidel Ramos à la tête du pays.
2000: Une nouvelle vague de violence secoue le Sud musulman. Suite à l’arrêt par les militaires des négociations de paix, le Front de libération islamique moro (MILF), devenu le principal groupe séparatiste musulman, relance l’offensive. Dix-neuf étrangers et deux Philippins sont pris en otage en avril dans l’île de Sipadan par la guérilla islamiste Abbu Sayyaf et retenus dans l’île de Jolo.
2001: Le 20 janvier, un soulèvement populaire écarte du pouvoir le président Joseph Estrada, accusé d’avoir trempé dans une affaire d’escroquerie. Gloria Macapagal-Arroyo (GMA) devient présidente de la République des Philippines. Malgré sa volonté de redynamiser le niveau social et économique du pays, elle doit faire face à une anarchie croissante. Un cessez-le-feu est déclaré, mais des périodes de violence et de bombardements sévissent toujours dans l’ARMM.
2002: À la suite de l’arrestation à Manille d’un Indonésien du groupe Jemaah Islamiyah et dans le cadre de la lutte anti-terroriste, les conseillers américains aident l’armée philippine à lutter contre le groupe Abou Sayyaf et contre l’implantation de groupes liés au réseau Al-Qaida dans le sud de l’archipel.
2004:  En 2004, Gloria Macapagal-Arroyo se présente à un second mandat et l’emporte, malgré des suspicions de fraudes électorales. Les Philippines sont fortement touchées en novembre par la tempête tropicale Winnie et en décembre par un typhon.
2005: La guérilla persiste et trois attentats frappent le pays en février, dont un à Manille.
2006: La présidente philippine Gloria Macapagal-Arroyo signe un décret sur l’abolition de la peine de mort. Le 1er décembre, des coulées de boue consécutives aux pluies du typhon Durian ensevelissent un millier de personnes au pied du volcan Mayon.
2007: Le 23 janvier, le gouvernement annonce la mort du chef du groupe islamiste Abou Sayyaf, Khadaffy Janjalani, lors d’un accrochage militaire, en septembre 2006, sur l’île de Jolo.
2008: En août 2008, le cessez-le-feu prend fin. Une flambée de violence frappe l’ARMM, les rebelles du MILF attaquant ouvertement l’armée dans certaines parties de Mindanao.
2009: Le 15 janvier, une équipe du Comité international de la Croix Rouge (CICR), qui assurait une mission médicale, est enlevée sur l’île de Jolo.
2010: Les élections présidentielles de mai portent Benigno Aquino III au pouvoir, fils de l’ancienne présidente Corazon Aquino. Il succède ainsi à Gloria Arroyo.
2013: Le MILF assiège la ville de Zamboanga, à Mindanao, durant 3 semaines. Les combats qui s’ensuivent avec l’armée philippine entraînent le déplacement de 100 000 personnes.
En novembre, le super typhon Yolanda (appelé aussi Haiyan) traverse la partie centrale des Visayas, faisant, selon les estimations, 15 000 à 25 000 victimes et dévastant le littoral.