Depuis sa création, le Pakistan n’a jamais réellement connu la stabilité. L’histoire du pays est marquée par trois coups d’État et des périodes de démocratie caractérisée par une forte instabilité politique. Après une succession de sept Premiers ministres entre 1947 et 1958, le général Muhammad Ayub Khan organise un coup d’état et destitue le président Mirza le 27 octobre 1958. La loi martiale est instaurée et le pays vit sous le joug d’une dictature militaire pendant onze ans. En 1971, le Pakistan oriental mène une guerre de libération avec le soutien de l’Inde, se déclare indépendant et devient le Bangladesh. À la suite de cette débâcle, le général Ayub Khan abandonne le pouvoir à Zulfikar Alî Bhutto la même année, qui rétablit un régime civil. S’appuyant sur le Parti du peuple pakistanais, Bhutto devient Premier ministre en 1973 et établit alors une nouvelle Constitution, toujours en vigueur aujourd’hui. Il mène une politique se réclamant du socialisme islamique conduisant à la nationalisation des principales banques et industries du pays.

Le coup d’État militaire du général Zia en 1977 entraine l’exécution du Premier ministre Ali Bhutto en 1979. Zia instaure un régime autoritaire où la marge de manœuvre des partis politiques est réduite et où des opposants politiques sont emprisonnés. Il fait voter des amendements à la Constitution en 1985 afin d’élargir les pouvoirs du président, et mène par ailleurs une politique d’islamisation de la société et de privatisations. Zia-ul-Haq meurt dans un crash aérien aux causes non élucidées le 17 août 1988.

À la suite des élections législatives de 1988, l’Assemblée nationale élit Benazir Bhutto, chef du PPP et fille d’Ali Bhutto, Premier ministre. Après 21 mois à la tête du gouvernement, elle est démise de ses fonctions par le président Ghulam Ishaq Khan en 1990. Les élections de 1990 portent Nawaz Sharif, chef de sa Ligue musulmane au poste de Premier ministre, jusqu’à sa destitution en 1993 par le président Ghulam Ishaq Khan. Benazir Bhutto retrouve son siège de Premier ministre après les élections de 1993, et Farooq Leghari est élu président dans le même temps. Accusée de corruption, Bhutto est de nouveau destituée par le président en 1996 et elle part en exil en 1998. Nawaz Sharif est de nouveau Premier ministre en 1997, jusqu’au coup d’État de Pervez Musharraf en 1999. C’est la première fois, depuis la fin de la guerre froide, qu’un coup d’État militaire se produit dans un pays en possession d’armes nucléaires 6. Musharraf devient officiellement président en 2001, puis fait voter des amendements à la Constitution renforçant son pouvoir en 2003

En novembre 2007, Benazir Bhutto rentre au Pakistan après un exil de neuf ans. Elle représente le PPP en vue des élections législatives de janvier 2008. S’alliant avec Nawaz Sharif, elle se situe dans l’opposition au président Pervez Musharraf. Elle est assassinée à Rawalpindi le 27 décembre 2007, lors d’un attentat kamikaze, après une réunion électorale. En septembre 2008, Asif Ali Zardari, veuf de Benazir Bhutto, est élu président du Pakistan à la suite des élections législatives de février 2008, qui marquent la victoire du PPP puis la démission de Musharraf. Youssouf Raza Gilani et Raja Pervez Ashraf se succèdent au poste de Premier ministre. Une réforme constitutionnelle est votée en avril 2010 et rend au Premier ministre la plus importante part du pouvoir exécutif, rétablissant l’équilibre institutionnel prévu en 1973. À la suite des élections législatives de février 2013, la Ligue musulmane de Nawaz Sharif remporte une majorité absolue et ce dernier devient Premier ministre, pour la troisième fois.